Pour remplir ses deux premières missions qui sont la formation des cadres statisticiens de niveaux moyen et supérieur et la formation continue, l’ISSEA comporte deux types de formation.

La formation initiale – qui comporte 3 filières de formation avec des durées de formation variant entre 1 et 5 ans. Dans chacune des filières, la formation théorique est complétée par des stages pratiques dont la durée varie entre 3 et 6 mois selon le cycle.  L’admission aux différentes filières se fait exclusivement par voie de concours organisés chaque année.

La formation continue – qui est ouverte à un public très varié et a pour objectif global le recyclage et le perfectionnement des praticiens de la statistique et de l'économie. Les enseignements de la Formation Continue sont organisés en modules, avec des durées précises et indépendants les uns des autres. L’accès aux formations se fait sur simple requête de la part de la structure cliente.