L'Institut Sous-régional de Statistique et d'Economie Appliquée (ISSEA) de Yaoundé, fondé en 1961 sous l'appellation de Centre de Formation Statistique (CFS) avait pour vocation la formation des Agents Techniques de la Statistique.

En 1969, le CFS change de dénomination et devient Institut de Formation Statistique (IFS). L'IFS formait en plus des Agents, les Adjoints Techniques de la Statistique

En 1975, l'IFS précédemment placé sous l'égide du PNUD, devient une institution nationale camerounaise ayant pour appellation Institut de Statistique, de Planification et d'Economie Appliquée (ISPEA). En 1976, elle ouvrait le cycle des Ingénieurs d'Application de la Statistique (IAS).

En 1984, l'ISPEA fut transformé en une institution sous-régionale avec pour dénomination Institut Sous-régional de Statistique et d'Economie Appliquée (ISSEA), placée sous l'égide de l'Union Douanière des Etats d'Afrique Centrale (UDEAC) qui regroupaient six Etats à savoir : le Cameroun, la République Populaire du Congo, la République centrafricaine, le Gabon, la Guinée Equatoriale et le Tchad. Entre temps, les cycles de Techniciens supérieurs de la Statistique (TSS) et d'Ingénieurs Statisticiens économistes (ISE) ont vu le jour. Le cycle des ISE a connu une mise en place progressive : d'abord l'option Economie en 2004 et l'Option Mathématiques en 2005.