L'Institut Sous-régional de Statistique et d'Economie Appliquée (ISSEA) de Yaoundé, fondé en 1961 sous l'appellation de Centre de Formation Statistique (CFS) avait pour vocation la formation des Agents Techniques de la Statistique.

En 1969, le CFS change de dénomination et devient Institut de Formation Statistique (IFS). L'IFS formait en plus des Agents, les Adjoints Techniques de la Statistique

En 1975, l'IFS précédemment placé sous l'égide du PNUD, devient une institution nationale camerounaise ayant pour appellation Institut de Statistique, de Planification et d'Economie Appliquée (ISPEA). En 1976, elle ouvrait le cycle des Ingénieurs d'Application de la Statistique (IAS).

En 1984, l’ISPEA est transformé en une École sous-régionale par Acte Additionnel de la Conférence des Chefs d’État de l'Union Douanière des États d'Afrique Centrale (UDEAC) et prend désormais la dénomination de: « Institut Sous-régional de Statistique et d'Économie Appliquée (ISSEA) ».

En 2004, outre les filières héritées de l’ISPEA, l’ISSEA ouvre la formation des Ingénieurs Statisticiens Économistes (ISE).