L’ISSEA a pour missions :
- La formation initiale des cadres statisticiens et économistes ;
- Le recyclage et le perfectionnement (formation continue) ;
- La recherche appliquée.
La formation des cadres statisticiens est assurée par la Direction des Etudes (DIRE) qui comprend trois départements : le Département Statistique et Econométrie, le Département Mathématiques et Informatique, et le Département Economie. Par le biais de cette mission, l'ISSEA forme et met chaque année à la disposition des Etats des Techniciens Supérieurs de la Statistique, des Ingénieurs d’application de la Statistique et des Ingénieurs Statisticiens Economistes.
Pour ce qui est de la formation continue et la recherche appliquée, ces missions sont assurées par la Direction de la Formation continue et de la Recherche appliquée (DFCRA). Celle-ci comprend trois départements : le Département de la Formation Continue et de la Professionnalisation, le Département des Enquêtes Statistiques et de la Publication, et le Département de l’Analyse et des Projets de recherche. Dans ce cadre, l’ISSEA organise fréquemment des formations continues en statistique et économie, des enquêtes et publie les résultats pour exploitation par les différentes administrations de la sous-région. Il organise et anime aussi chaque année des conférences sur des thèmes axés sur le développement économique et social et l'intégration sous-régionale.
